01 PRESIDENCIA EJECUTIVA

02 UNIDAD DE AUDITORIA INTERNA

03 UNIDAD TECNICA DE INSPECCIÓN A SERVICIOS ADUANEROS

04 UNIDAD DE COMUNICACION SOCIAL Y RELACIONES PUBLICAS

05 UNIDAD DE TRANSPARENCIA Y LUCHA CONTRA LA CORRUPCIÓN

06 COORDINADORA NACIONAL DE CONTROL ADUANERO

07 UNIDAD DE ASUNTOS INTERNACIONALES

08 GERENCIA GENERAL

09 UNIDAD DE PLANIFICACIÓN ESTUDIOS Y CONTROL DE GESTIÓN

10 UNIDAD DE SERVICIO A OPERADORES

11 UNIDAD DE EJECUCIÓN DEL PROYECTO NUEVO SISTEMA DE GESTIÓN ADUANERA

12 UNIDAD DEL PROGRAMA OPERADOR ECONOMICO AUTORIZADO

13 GERENCIA NACIONAL DE NORMAS

14 GERENCIA NACIONAL DE FISCALIZACIÓN

15 GERENCIA NACIONAL DE SISTEMAS

16 GERENCIA NACIONAL DE ADMINISTRACIÓN Y FINANZAS

17 GERENCIA NACIONAL JURIDICA

18 GERENCIA REGIONAL LA PAZ

19 GERENCIA REGIONAL ORURO

20 GERENCIA REGIONAL COCHABAMBA

21 GERENCIA REGIONAL TARIJA

22 GERENCIA REGIONAL SANTA CRUZ

23 GERENCIA REGIONAL POTOSI