01 PRESIDENCIA EJECUTIVA

02 UNIDAD DE AUDITORIA INTERNA

03 UNIDAD TECNICA DE INSPECIÓN A SERVICIOS ADUANEROS

04 UNIDAD DE COMUNICACION SOCIAL

05 UNIDAD DE TRANSPARENCIA Y LUCHA CONTRA LA CORRUPCIÓN

06 COMANDO NACIONAL DE CONTROL OPERATIVO ADUANERO

07 UNIDAD DE ASUNTOS INTERNACIONALES

08 GERENCIA GENERAL

09 UNIDAD DE PLANIFICACIÓN ESTUDIOS Y CONTROL DE GESTIÓN

10 UNIDAD DEL PROGRAMA OPERADOR ECONOMICO AUTORIZADO

11 UNIDAD DE SERVICIO A OPERADORES

12 AGENCIA DE ADUANA EXTERIOR ARICA

13 AGENCIA DE ADUANA EXTERIOR MATARANI

14 UNIDAD DE EJECUCIÓN DEL PROYECTO NUEVO SISTEMA DE GESTIÓN ADUANERA

15 GERENCIA NACIONAL DE NORMAS

16 GERENCIA NACIONAL DE FISCALIZACIÓN

17 GERENCIA NACIONAL DE SISTEMAS

18 GERENCIA NACIONAL DE ADMINISTRACIÓN Y FINANZAS

19 GERENCIA NACIONAL JURIDICA

20 GERENCIA REGIONAL LA PAZ

21 GERENCIA REGIONAL ORURO

22 GERENCIA REGIONAL POTOSI

23 GERENCIA REGIONAL SANTA CRUZ

24 GERENCIA REGIONAL TARIJA

25 GERENCIA REGIONAL COCHABAMBA